高效色譜儀是利用樣品各組分在固定相和流動相中分配、吸附、離子交換和空間排阻等作用的差異，使各組分在作相對運動的兩相中反復多次受到上述各作用而達到相互分離。

一、優點：

1、氣相色譜儀：

高效、快速、靈敏和應用范圍較廣。

2、高效液相色譜儀：

（1）樣品不受揮發度和熱穩定性限制。

（2）柱溫一般選用室溫。

（3）特別適合高沸點、極性強和熱穩定性差的化合物的分離。

二、缺點：

1、氣相色譜儀：

（1）分離對象受到一定限制。據估計現在已知的化合物中，僅有20%的樣品可以用氣相色譜滿意地分離。對于揮發性差（高沸點化合物）由于氣化溫度和柱溫要求很高而難以分析，對于高分子化合物、熱穩定性差的化合物由于在氣化過程中容易分解而難以分析，對于具有生物活性的樣品由于高溫失活而難以分析，對于強極性化合物如有機酸、有機堿等，由于不可逆吸附而難以分析。

（2）樣品難以回收。

2、高效液相色譜儀：

（1）有柱外效應。從進樣器到檢測器之間，除了色譜柱以外的任何死空間（進樣器、柱接頭、連接管和檢測池等）中，如果流動相的流型有變化，被分離物質的任何擴散和滯留都會顯著地導致色譜峰展寬，柱效降低。

（2）檢測器的靈敏度不及氣相色譜的。

高效液相色譜儀是適應科學技術發展而發展出來的，與氣相色譜儀各有所長，相互補充。

   

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