儀器化標準目前還在試驗性階段，在執行標準中應該注意3點。首先是等級結算的問題。GB1103和儀器化標準在質量指標設置上有很大差異，兩個標準是完全不同的兩個棉花質量評定體系。不同的質量評定體系，就有不同的結算體系。需要指出的是，美棉檢驗是從感官檢驗自然過渡到儀器化檢驗的。雖然美棉的檢驗指標不斷增加，但其結算體系中主要的品質指標一直沒有變化。而我國的情況不同于美國，兩個完全不同的質量標準評定體系要有一個并行期。鑒于儀器化標準草案中規定的色特征級(包括色特征圖)、軋工質量、外觀等級等內容需要進行驗證，目前不適用于結算。因此，在試點期間，為了方便試點加工企業銷售棉花，我們在依據儀器化標準進行公證檢驗的同時，還按現行感官檢驗方法對試點企業生產的打包型棉花逐包進行了品級檢驗，并將品級檢驗結果體現在儀器化公證檢驗證書中，從而使儀器化檢驗的棉花能夠按照品級、上半部平均長度(與手扯長度接近)、馬克隆值等指標銷售，使這些指標與GB1103規定的結算品質指標相銜接。
其次是重量結算問題。GB1103對棉花的品質和重量檢驗都作了規定，并規定我國棉花重量按標準含雜率、標準回潮率對凈重扣補所得公定重量進行結算。鑒于此，有的企業認為試點加工企業生產的大包型棉花無法進行重量結算。由于美棉檢驗對雜質是從質處理，即通過儀器檢驗確定棉花的葉屑等級和雜質面積百分比，并直接與價格掛鉤。同時，美棉軋花時規定回潮率不得超過7.5%，并有相當多的棉花加工廠配備了籽棉烘干、皮棉調濕裝置及其回潮率自動檢測裝置，棉包重量相對穩定，對價格的影響較小，凈重結算也就順理成章。而我國棉花一方面其雜質內容與美棉不同，不易從質處理，應從量處理；另一方面，加工皮棉調濕裝置及其回潮率自動檢測裝置尚在開發完善之中，因此目前棉花貿易實行凈重結算還存在一些問題。
第三是長度問題。影響棉花長度的因素很多，棉花品種、纖維長度分布、整齊度、短纖率含量等情況的不同，都會造成它們之間相關性的變化。但儀器化標準采用的上半部平均長度與GB1103標準采用的手扯尺量長度十分接近。通過中纖局和部分試點承檢機構的在試點期間進行的比對實驗結果看，兩者結果互有高低，比較接近，但沒有規律性。如果手扯長度與上半部平均長度相比，始終偏長或偏短，而且差異較大，那是不正常的。產生的原因可能有以下幾方面：一是手扯長度的準確性。手扯長度畢竟是感官檢驗，其測試的準確性和重復性因人而異。二是樣品的代表性。對于不同長度范圍、不同長度均勻度、不同短纖含量即不同長度分布的棉樣，各實驗方法測量的長度值的相關性是有差異的。三是儀器測量方法也會存在機械誤差、操作誤差等，但其產生的誤差要明顯小于感官檢驗。